函館市の南茅部地域（旧南茅部町）は，1973年以来，市街地の発展に伴う住宅造成や道路建設などにより，南茅部町教育委員会が埋蔵文化財の発掘調査を行ってきましたが，1989年からは，南茅部町埋蔵文化財調査団を組織し，一般国道278号南茅部バイパス工事に伴う調査に対処してきました。2004年12月，函館市との市町村合併を契機に，新生函館市は公共事業に伴う大規模な開発行為に伴う調査を迅速かつ効率的に実施するために，ＮＰＯの設立を決定しました。2005年２月３日に法人認可され，特定非営利活動法人 函館市埋蔵文化財事業団として発足しました。